Clorhidratul de berberină utilizat în principal pentru tratamentul gastroenteritei, dizenteriei bacteriene și a altor infecții intestinale, conjunctivită, otitis media supurativă și altele eficiente. De asemenea, s-a găsit că blochează receptorii alfa și previne aritmia. Are efecte inhibitoare asupra Shigella, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Streptococcus, Salmonella typhi și Amoeba. Clinic, este utilizat în principal pentru infecții intestinale și dizenterie bacilară. Recent, sa constatat că acest produs are și efecte anti-aritmie. Berberina are o activitate antitumorală puternică in vitro și in vivo și poate induce diferențierea celulelor B16; are efect sinergic cu clorhidratul de citarabină in vitro pentru tratamentul infecției intestinale, dizenteriei oculare și a altor infecții intestinale, conjunctivită, otita medie supurativă este eficientă.
